全臺鐵路商務總局是清朝福建臺灣省首任巡撫劉銘傳奉准「修鐵路、創辦商務」後於光緒十三年五月二十日（1887年7月10日）在臺設立的機關之一，一說正式全名為全臺輪船鐵路商務總局，又稱為商務局、臺北通商總局，而傳世關防銘文為「辦理臺灣商務總局關防」，曾修建基隆到新竹的鐵路。
商務局於光緒十三年（1887年）成立時，初由板橋林家的家主林維源為商務督辦；後因林維源已兼辦臺北撫墾事務，改由楊宗瀚督辦商務。該局除了處理鐵路興建事宜外，也在上海旗昌洋行經手下購買兩艘快船，分別名叫「斯美」與「駕時」：「斯美」專門來往臺灣與上海、福州，「駕時」則專門航行於香港、廈門一帶。後來鐵路開工不久後，楊宗瀚因病假歸，遂委任張士瑜為總理。而根據臺灣總督府鐵道部採訪楊懷瑾（曾任票房司事）所得到的記錄，商務局內原先設有文案、帳房、書班，後來又增加收發處、收課銀與翻譯的編制。此外除會辦由英國人馬迪遜擔任外，也有聘用數名外國人掌管測量與技術事務，而火車駕駛也有不少是英國人，但到了光緒十八年（1892年）時除了馬迪遜留下繼續擔任會辦，協助監督鐵路技術外，其他外籍技術人士幾乎都返回本國去了。
以下為《臺灣鐵道史》、《新編桃園縣志》二書採訪相關人物後所記錄的商務局組織編制，以及職員名字
| 職稱 | 待遇 | 曾任職之人員 | 備註 |
| 總辦 | 薪俸五十兩、公費二百兩、轎夫四人、使役夫十人 | 張士瑜、黨鳳岡、蔣斯彤、姚西漠 | 編一人，相當於今日的臺鐵局局長 |
| 會辦 | 薪俸五百元、食費二百五十元、轎夫四人、使役夫四人 | 馬迪遜（英國人） | 編二到四人，相當於今日的臺鐵局副局長，又分技術、總管、事務佐理分類 |
| 提調 | 薪俸五十兩 | 黨鳳岡、張經綸 | 編二人，負責承上宣下 |
| 文案 | 薪俸二十兩 | 楊雨臣 | 編一人 |
| 帳房 | 薪俸十二兩 | 馬仁軒 | 編一人 |
| 書班 | 薪俸有差 | 編一人 | |
| 收發 | 薪俸十二兩 | 蕭某 | 編一人 |
| 收銀 | 薪俸十二兩 | 胥瑞之 | 掌理出納業務 |
| 翻譯 | 薪俸二十四兩 | 陳品山 | 編一人 |
| 稽查鐵路委員 | 俸給三十兩、食費十兩 | 達鳳翔、白正卿 | 編二人 |
| 稽查橋工委員 | 俸給三十兩、公費二十兩、轎夫四人、使役夫十人 | 以鶴筌、張家德 | 編二人 |
| 巡查鐵路工頭 | 俸給二十四元 | 劉發順 | 編一人 |
| 正副票房司事 | 正薪俸十二元、副薪俸八元，皆有食費三兩 | 楊懷瑾、程華封、姚子廷、朱清賢、林微卿、湖齊蒼、嚴相華、徐良臣、沙鏡波、沈某 | 編六至十人，相當於今日的台鐵正副站長 |
| 正副查票司事 | 正薪俸十二元、副薪俸八元，皆有食費三兩 | 雲昌、楊慶馨、林助、張玉波、馬蕚卿、馮榮周 | 編六至十人 |
| 開車 | 外國人薪俸一百十元，其他六十元到三十元 | 含司爐助理駕駛，正駕駛員聘英國人，副駕駛員聘本國人 | |
| 火車場管理 | 張鴻英 | ||
| 提調、文案、帳房、書班、收發處、收課銀、翻譯並無食費，由總辦從其公費分給。巡丁頭、巡丁、管螺絲、洗車、燒火、拭車的薪俸各從十三兩到八兩根據達鳳翔（曾任稽查鐵路委員）的說法，會辦的薪俸與公費合起來有五百餘元，提調薪俸四十兩、食費公費二十兩，文案薪俸三十兩，帳房薪俸二十兩，票房司事薪俸則從十六兩到十兩，總辦薪俸五十兩外還有食費公費二百兩。 | |||
而商務局廳舍是一位於台北城外東北角的三板橋莊的洋樓，在這之前原本設於機器局廳舍內。乙未割台後，商務局廳舍曾作為“鐵道工夫舍”（鐵道養路工宿舍），後來變成騎兵營。